根據(jù)監(jiān)管物件的不同，海關(guān)監(jiān)管分為運(yùn)輸工具監(jiān)管、貨物監(jiān)管、和物品監(jiān)管三大體系，每個(gè)體系都有一整套規(guī)范的管理程式與方法。監(jiān)管是海關(guān)最基本的任務(wù)，海關(guān) 的其他任務(wù)都是在監(jiān)管工作的基礎(chǔ)上進(jìn)行的。除了通過備案、審單、查驗(yàn)、放行、后續(xù)管理等方式對(duì)進(jìn)出境運(yùn)輸工具、貨物、物品的進(jìn)出境活動(dòng)實(shí)施監(jiān)管外，海關(guān)監(jiān) 管還要執(zhí)行或監(jiān)督執(zhí)行國(guó)家其他對(duì)外貿(mào)易管理制度的實(shí)施，如進(jìn)出口許可制度、外匯管理制度、進(jìn)出口商品檢驗(yàn)檢疫制度、文物管理制度等，從而在政治、經(jīng)濟(jì)、文 化道德、公眾健康等方面維護(hù)國(guó)家利益。
1、一般貿(mào)易監(jiān)管
一般貿(mào)易是指中國(guó)境內(nèi)有進(jìn)出口權(quán)的企業(yè)單邊進(jìn)口或單邊出口的貿(mào)易。這種貿(mào)易方式主要有申報(bào)、查驗(yàn)、征稅、放行四個(gè)環(huán)節(jié)，海關(guān)對(duì)其的監(jiān)管也是由此四個(gè)環(huán)節(jié)展開。
(一)進(jìn)出口申報(bào)
進(jìn)出口貨物收發(fā)貨人、受委托的報(bào)關(guān)企業(yè)，依照《海關(guān)法》以及有關(guān)法律、法規(guī)的要求，在規(guī)定的期限(進(jìn)口貨物為進(jìn)境之日起十四天內(nèi)，出口貨物運(yùn)抵海關(guān)監(jiān)管區(qū) 后裝貨的二十四小時(shí)前)，進(jìn)出境貨物的口岸或關(guān)境，采用電子資料報(bào)關(guān)單和紙質(zhì)報(bào)關(guān)單形式，向海關(guān)報(bào)告實(shí)際進(jìn)出口貨物的情況，海關(guān)以申報(bào)資料(商業(yè)發(fā)票、裝箱單 等相關(guān)單證)對(duì)照?qǐng)?bào)關(guān)進(jìn)行審核。進(jìn)口貨物收發(fā)貨人未按規(guī)定期限向海關(guān)申報(bào)產(chǎn)生滯報(bào)的，由海關(guān)按規(guī)定征收滯報(bào)金。海關(guān)接受進(jìn)出口貨物申報(bào)后，電子資料和紙質(zhì) 的進(jìn)出口貨物報(bào)關(guān)單不得修改或者撤銷；確有正當(dāng)理由的，經(jīng)海關(guān)審核批準(zhǔn)，可以修改或撤銷。
(二)配合查驗(yàn)
海關(guān)為確定進(jìn)出境貨物收發(fā)貨人向海關(guān)申報(bào)的內(nèi)容是否與進(jìn)出口貨物的真實(shí)相符，或者為確定商品的海關(guān)編碼、價(jià)格、原產(chǎn)地等，依法對(duì)進(jìn)出口貨物進(jìn)行實(shí)際核查。通過實(shí)際核查，檢查報(bào)關(guān)單位是否偽報(bào)、瞞報(bào)、申報(bào)不實(shí)，同時(shí)也為海關(guān)的征稅、統(tǒng)計(jì)、后續(xù)管理提供可靠的資料。
查驗(yàn)的實(shí)施一般在海關(guān)監(jiān)管區(qū)內(nèi)執(zhí)行，也有特殊的原因需要在海關(guān)監(jiān)管區(qū)外執(zhí)行的。海關(guān)查驗(yàn)的方法可以徹底查驗(yàn)，也可以抽查；查驗(yàn)的操作分為人工查驗(yàn)和設(shè)備查驗(yàn)。
海關(guān)查驗(yàn)貨物時(shí)進(jìn)出口貨物收發(fā)貨人或其代理人應(yīng)當(dāng)?shù)綀?chǎng)配合查驗(yàn)，查驗(yàn)結(jié)束后，海關(guān)查驗(yàn)人員填寫《海關(guān)進(jìn)出境貨物查驗(yàn)記錄單》現(xiàn)場(chǎng)人員簽名確認(rèn)，查驗(yàn)過程如因查驗(yàn)人員的責(zé)任發(fā)生損壞，屬海關(guān)賠償范圍的，海關(guān)依法賠償。
(三)繳納稅費(fèi)
貨物經(jīng)過申報(bào)、查驗(yàn)環(huán)節(jié)后，海關(guān)核對(duì)電腦計(jì)算的稅費(fèi)，開具稅款繳款書和收費(fèi)票據(jù)，進(jìn)出口貨物收發(fā)貨人或其代理人在規(guī)定時(shí)間內(nèi)，向指定銀行辦理稅費(fèi)交付手續(xù)或通過網(wǎng)路進(jìn)行電子支付。
(四)放行(提取或裝運(yùn)貨物)
海關(guān)接受進(jìn)出口貨物的申報(bào)，審核申報(bào)資料及相關(guān)單證，并且貨物通過上述申報(bào)、查驗(yàn)、征稅環(huán)節(jié)后，對(duì)一般貿(mào)易進(jìn)出口貨物結(jié)束海關(guān)進(jìn)出境現(xiàn)場(chǎng)監(jiān)管，允許進(jìn)出口貨物離開海關(guān)監(jiān)管現(xiàn)場(chǎng)的工作環(huán)節(jié)。
在實(shí)行“無紙通關(guān)”申報(bào)方式的海關(guān)，海關(guān)做出現(xiàn)場(chǎng)旅行的決定后，通過電腦將資訊發(fā)送給進(jìn)出口貨物收發(fā)貨人或其代理人和海關(guān)監(jiān)管貨物保管人，進(jìn)出口貨物收發(fā)貨人或其代理人自行列印海關(guān)放行通知書，提取或裝運(yùn)貨物。
2、加工貿(mào)易監(jiān)管
外資企業(yè)主要以加工貿(mào)易的方式經(jīng)營(yíng)。海關(guān)以往的加工貿(mào)易監(jiān)管規(guī)定往往只是針對(duì)特定時(shí)期的某一種貿(mào)易方式或某一項(xiàng)業(yè)務(wù)而制定，缺乏一部系統(tǒng)的、全面的監(jiān)管規(guī) 章。另外，多數(shù)加工貿(mào)易的監(jiān)管規(guī)定制定的立法環(huán)境、條件與現(xiàn)在相比已發(fā)生很大變化，有些規(guī)定出現(xiàn)不適應(yīng)狀況。針對(duì)上述原因，《中華人民共和國(guó)對(duì)加工貿(mào)易貨 物監(jiān)管辦法》也就應(yīng)運(yùn)而生，對(duì)以往規(guī)定進(jìn)行了整合與規(guī)范，并于2004年4月1日開始正式實(shí)施。
目前，我國(guó)加工貿(mào)易管理實(shí)行保稅監(jiān)管制度。從1995年開始，海關(guān)根據(jù)國(guó)務(wù)院規(guī)定，對(duì)加工貿(mào)易實(shí)行銀行保證金臺(tái)帳管理制度，有效地保障了國(guó)家關(guān)稅的稅收， 但仍需進(jìn)一步完善。《海關(guān)法》對(duì)海關(guān)要求企業(yè)提交擔(dān)保的范圍、方式已有原則性規(guī)定，因此，新的《加工貿(mào)易貨物監(jiān)管辦法》規(guī)定海關(guān)對(duì)加工貿(mào)易實(shí)行擔(dān)保制度， 規(guī)定了擔(dān)保適用的有關(guān)情形，規(guī)定了擔(dān)保的解除條件。
核查是加工貿(mào)易海關(guān)監(jiān)管的手段，因此《加工貿(mào)易貨物監(jiān)管辦法》明確了海關(guān)“核查”的法律地位，保留了海關(guān)對(duì)企業(yè)進(jìn)行勘驗(yàn)、核查的權(quán)力，規(guī)定海關(guān)根據(jù)監(jiān)管需 要，可以對(duì)企業(yè)進(jìn)行核查，企業(yè)應(yīng)當(dāng)予以配合。另一方面，加工貿(mào)易海關(guān)監(jiān)管還應(yīng)與企業(yè)管理密切聯(lián)系，關(guān)注的重點(diǎn)從貨物轉(zhuǎn)到企業(yè)與貨物并重，重點(diǎn)放在企業(yè)自 管。要求加工貿(mào)易企業(yè)須經(jīng)海關(guān)注冊(cè)登記，按規(guī)定設(shè)置并向海關(guān)報(bào)送有關(guān)帳簿、報(bào)表和其他單證。
另外，進(jìn)一步完善加工貿(mào)易和保稅監(jiān)管法規(guī)體系，建立健全“企業(yè)自管、海關(guān)監(jiān)管、地方政府協(xié)管、社會(huì)共管”的綜合治理機(jī)制等工作，中國(guó)海關(guān)海關(guān)實(shí)行聯(lián)網(wǎng)監(jiān) 管。來自海關(guān)總署的資料顯示，到2005年底，海關(guān)共對(duì)2,290家大型加工貿(mào)易企業(yè)實(shí)施了聯(lián)網(wǎng)監(jiān)管，聯(lián)網(wǎng)企業(yè)加工貿(mào)易進(jìn)出口值已占中國(guó)全部加工貿(mào)易進(jìn)出口值的56.5%。