企業(yè)辦理加工貿(mào)易合同備案前需要報(bào)商務(wù)主管部門審批合同，領(lǐng)取“加工貿(mào)易業(yè)務(wù)批準(zhǔn)證”和“加工貿(mào)易企業(yè)經(jīng)營(yíng)狀況和生產(chǎn)能力證明”；需要領(lǐng)取其他許可證件的還要向有關(guān)主管部門申領(lǐng)許可證件。然后進(jìn)入海關(guān)合同備案的程序，其步驟為：
(1)將合同相關(guān)內(nèi)容預(yù)錄入與主管海關(guān)聯(lián)網(wǎng)的計(jì)算機(jī)。
(2)由海關(guān)審核確定是否準(zhǔn)予備案。準(zhǔn)予備案的，由海關(guān)確定是否需要開設(shè)加工貿(mào)易銀行保證金臺(tái)賬。
(3)需辦理開設(shè)臺(tái)賬手續(xù)的，應(yīng)向銀行(中國(guó)銀行、工商銀行)辦理臺(tái)賬保證金專用賬戶設(shè)立手續(xù)。已設(shè)立臺(tái)賬保證金專用賬戶的企業(yè)，憑“海關(guān)注冊(cè)登記證明”向銀行進(jìn)行一次性備案登記。
銀行與海關(guān)目前采用臺(tái)賬電子化聯(lián)網(wǎng)管理模式。企業(yè)在預(yù)錄入端收到回執(zhí)后，直接憑銀行簽發(fā)的電子“銀行保證金臺(tái)賬登記通知單”向海關(guān)辦理加工貿(mào)易備案手續(xù)，無(wú)須再往返于海關(guān)與銀行之間傳遞單證，有關(guān)單證的電子數(shù)據(jù)均實(shí)現(xiàn)網(wǎng)上傳輸。
(4)不需要開設(shè)臺(tái)賬的，直接向海關(guān)領(lǐng)取加工貿(mào)易手冊(cè)或其他備案憑證。