出口加工區(qū)在進出口貨物之前，應向出口加工區(qū)主管海關申請建立電子賬冊，包括“加工貿(mào)易電子賬冊(H賬冊)”和“企業(yè)設備電子賬冊”。
1、與境外之間進出境貨物的報關(通常與保稅區(qū)結合在一起考，作比較)
應填寫的是“進出境貨物備案清單”，向出口加工區(qū)海關報關。
跨關區(qū)進出境的時候，按“轉關運輸”中的直轉轉關方式辦理轉關。對于同一直屬海關的關區(qū)內(nèi)進出境的出口加工區(qū)貨物，可以按直通式報關。
(1)境外貨物運入出口加工區(qū)，采用直轉的轉關的方式辦理轉關的步驟。
(2)出口加工區(qū)貨物運出境外，采用直通式報關。
2、出口加工區(qū)與境內(nèi)區(qū)外其他地區(qū)之間進出貨物報關
(1)出口加工區(qū)貨物運往境內(nèi)區(qū)外(出區(qū)進入國內(nèi)市場)
其他規(guī)定：
①出口加工區(qū)企業(yè)內(nèi)銷加工制成品，以海關接受內(nèi)銷申報的同時或大約同時進口的相同或類似貨物進口成交價格為基礎審查確定完稅價格。
②內(nèi)銷的副產(chǎn)品，以內(nèi)銷價格作為完稅價格，由區(qū)外企業(yè)繳納進口關稅和進口環(huán)節(jié)海關代征稅，免于交付緩稅利息。屬許可證件管理的，出具有效的進口許可證件。
③出口加工區(qū)內(nèi)企業(yè)產(chǎn)生的邊角料、廢品、殘次品等原則上應復運出境。如出區(qū)內(nèi)銷按照對區(qū)外其他加工貿(mào)易貨物內(nèi)銷的相關規(guī)定辦理：(2010年新增)
A、邊角料、廢品內(nèi)銷，海關按照報驗狀態(tài)歸類后適用的稅率和審定的價格計征稅款，免予提交許可證件；
B、邊角料、廢品以處置方式銷毀的，或者屬于禁止進口的固體廢物需出區(qū)進行利用或者處置的，區(qū)內(nèi)企業(yè)持處置單位的“危險廢物經(jīng)營許可證”復印件以及出口加工區(qū)管委會和所在地地(市)級環(huán)保部門的批準文件向海關辦理有關手續(xù)；
C、對無商業(yè)價值且不屬于禁止進口的固體廢物的邊角料和廢品，需運往區(qū)外以處置之外的其他方式銷毀的，應憑出口加工區(qū)管委會的批件，向主管海關辦理出出區(qū)手續(xù)，海關予以免稅，并免予核驗進口許可證件；
D、殘次品出區(qū)內(nèi)銷，按成品征收進口關稅和進口環(huán)節(jié)海關代征稅，屬于進口許可證件管理的，企業(yè)應當向海關提交相應許可證件；對屬于《法檢目錄》內(nèi)的出區(qū)內(nèi)銷殘次品，須經(jīng)出入境檢驗檢疫機構按照國家技術規(guī)范的強制性要求檢驗合格后，方可內(nèi)銷。
④出口加工區(qū)內(nèi)企業(yè)在需要時，可將有關模具、半成品運往區(qū)外進行加工，由區(qū)外企業(yè)，向加工區(qū)主管海關繳納貨物應征關稅和進口環(huán)節(jié)增殖稅等值的保證金或銀行保函后方可處理出區(qū)手續(xù)。加工產(chǎn)品應按期，一般為6個月，復運回加工區(qū)。
⑤出口加工區(qū)區(qū)內(nèi)企業(yè)經(jīng)主管海關批準，可在境內(nèi)區(qū)外進行產(chǎn)品的測試、檢驗和展示活動。
⑥運往境內(nèi)區(qū)外維修、測試或檢驗的機器、設備、模具和辦公用品等，不得用于境內(nèi)區(qū)外加工生產(chǎn)和使用。應自運出之日起60天內(nèi)運回加工區(qū)。因特殊情況不能如期運回的，區(qū)內(nèi)企業(yè)應于期限屆滿前7天內(nèi)，向主管海關說明情況，并申請延期。申請延期以1次為限，延長期不得超過30天。
⑦運往境內(nèi)區(qū)外維修的機器、設備、模具和辦公用品等，運回加工區(qū)時，要以海關能辨認其為原物或同一規(guī)格的新零件、配件或附件為限，但更換新零件、配件或附件的，原零件、配件或附件應一并運回加工區(qū)。