從本質(zhì)上看，海關(guān)稽查是海關(guān)監(jiān)督管理職能的實現(xiàn)方式，也是海關(guān)監(jiān)管制度的主要組成部分。然而，海關(guān)稽查與傳統(tǒng)的海關(guān)監(jiān)管相比又有著顯著的區(qū)別，其特征主要表現(xiàn)在：
1．將原有海關(guān)監(jiān)管的時間、空間進行了大范圍的延伸和拓展。海關(guān)監(jiān)管不僅局限于進出口的實時監(jiān)控和進出境口岸，而是通過評估驗證企業(yè)守法狀況或貿(mào)易安全情況，有針對性地規(guī)范企業(yè)內(nèi)部經(jīng)營管理，引導(dǎo)企業(yè)守法自律，保障其更好地享受海關(guān)監(jiān)管便利。海關(guān)對放行未結(jié)關(guān)貨物的使用、管理情況和在貨物結(jié)關(guān)放行之后的一定期限內(nèi)，對與進出口貨物直接有關(guān)的企業(yè)和單位的會計資料、報關(guān)單證及其他相關(guān)資料進行稽查。
2．將海關(guān)監(jiān)管的主要目標(biāo)從控制進出口貨物轉(zhuǎn)變?yōu)榭刂曝浳锏慕?jīng)營主體一進出口企業(yè)，不再人為地將企業(yè)與貨物割裂開來。海關(guān)圍繞企業(yè)的進出口活動實施動態(tài)和全方位的監(jiān)管，通過監(jiān)管企業(yè)的進出口行為來達到監(jiān)管進出口貨物的目的。